「幹線」と「地方交通線」
JRには、大きく分けて、「幹線」と「地方交通線」があります。これは、国鉄末期の「国鉄再建法」によって分類され、地方交通線に指定された路線には割高な運賃を適用するようになって以来、現在まで引き継がれています。
幹線のみを利用する場合は幹線の運賃表に、地方交通線のみを利用する場合は地方交通線の運賃表に、算出した営業キロを当てはめれば、運賃が分かります。営業キロの刻み方が異なり、やはり地方交通線のほうが高めです。
他方、やや割安な運賃が適用される「電車特定区間」というエリアも、東京（首都圏）」と大阪（京阪神間）にあります。競争相手となる交通機関が多いために設定されたもので、東京と大阪に間にも、運賃額の違いがあります。山手線内、大阪環状線内のみに乗車する場合は、更に安い運賃が適用されます。これらの運賃は、エリア内の駅の相互間を利用する場合にのみ適用されるもので、区間や路線を限定して適用される「特定運賃」と同じ性格のものです。
また、JR北海道、JR四国、JR九州などのいわゆる「三島会社」も運賃が高めに設定されています。これは、分割民営化後、三島会社は消費税率改定時以外にも運賃の値上げが認められたためです。
これ故に、JRの運賃ルールは複雑になっているのです。