先日、JR運賃はこんな計算方法で決まるでお伝えした運賃率の詳細は下記とおりです。
１．対キロ賃率
対キロ賃率は、本州三社（共通）と三島会社各社ごとに、幹線、電車特定区間内、山手・大阪環状線と地方交通線ごとに、8種類定められています。
詳細は、http://www.desktoptetsu.com/unchinkeisan.htm#1 をご覧ください。
２．運賃計算の方法
片道普通旅客運賃は、キロ帯区分ごとに定める中央値に上記対キロ賃率を乗じ、得られた金額を切り上げまたは四捨五入して税前運賃を計算とし、これに消費税率をかけ、更に四捨五入または切り下げてして得られる。したがって、実際には対キロ区間制と同様、階段状に上昇する。
詳細は、http://www.desktoptetsu.com/unchinkeisan.htm#1 をご覧ください。
2014年4月の運賃改定で、JR東日本は、電車特定区間内と山手線内の運賃計算方法を変更した。従来は、税前運賃に消費税を加算する際10円単位で四捨五入していたが、これを「円位において切り上げ」としたのである（旅規78条1号イ、2号イ）すなわち、税前運賃のは数が1円未満のときは切り下げ、1円以上のときは10円単位で切り上げる。消費税を1円単位で加算するIC運賃の導入にあたって、電車特定区間内と山手線内ではつねにIC運賃が乗車券の運賃よりも安くなるようにしたためである。
営業キロが10キロ以下の区間の運賃は、賃率計算によらない対キロ区間制運賃である（旅規84条）。JR九州は、この対キロ区間制運賃を100キロまでの区間に拡大している（旅規77条の5、3項）。また、本州3社の地方交通線運賃は、特定のキロ帯について、対キロ賃率計算によらない特定額となっている（旅規77条の4、1項）。これは三島会社の幹線・地方交通線運賃も同じで、賃率計算によらない特定額を旅規の別表で定めている（JR北海道幹線：別表2号イ、JR四国：別表2号イの2、JR九州：別表2号イの3、JR北海道幹線：別表2号イの5）。JR四国の61キロ以上の区間の運賃は、すべて特定額である。JR九州も対キロ制を採用している101キロ以上のほとんどのキロ帯において特定額となっている。JRの運賃が対キロ制といっても、11キロ以上の運賃がすべて対キロ賃率で計算されているのは、本州三社の幹線、電車特定区間内、山手線・大阪環状線内運賃だけである。
またJR四国・JR九州は、地方交通線の擬制キロを幹線の賃率に当てはめる際、キロ帯区分を細かくして特定運賃を設けている。キロ帯区分の刻みが大きいため、一段階上のキロ帯の運賃が大きく上昇するのを緩和する措置である。
地方交通線と幹線とにまたがる乗車の場合は、地方交通線の賃率換算キロ（本州三社・JR北海道）または擬制キロ（JR四国・JR九州）と幹線の営業キロを加算して運賃計算キロを求め、これに幹線の賃率を乗じて運賃を計算する。また本州三社と三島会社にまたがる乗車については、全行程の営業キロまたは運賃計算キロに本州三社の賃率を乗じて得られた基準額に、三島各社内の乗車区間について三島各社と本州三社との賃率差に相当する加算額を加えて計算する。
(上記文章、表の出典元：http://www.desktoptetsu.com/unchinkeisan.htm#1）