高崎線の熊谷（埼玉県）から神田（東京都、山手線内の駅）へ行く場合、
熊谷の駅で神田までのきっぷを買うと1,170円です。
そこでまず熊谷の駅で大宮（埼玉県）までのきっぷを買い、
大宮の駅で一旦降りて大宮から神田までのきっぷを買うと、
1,070円（IC乗車券（JR東日本）の場合は1,067円）ですんでしまいます。
きっぷ IC運賃（JR東日本）
熊谷－神田（63.4キロ＝本州3社幹線運賃）・・・・・ 1,170円 1,166円
熊谷－大宮（34.4キロ＝本州3社幹線運賃）・・・・・ 590円 594円
大宮－神田（29.0キロ＝東京の電車特定区間）・・・・ 480円 473円
これは熊谷で神田までのきっぷを買えば、本州3社の幹線の普通運賃が適用されますが、
２つに分けると熊谷－大宮間は本州3社の幹線の普通運賃が適用され、
大宮－神田間は東京の電車特定区間の普通運賃となるため、こんな運賃の開きとなってしまうのです。
これは同一線上に幹線と電車特定区間がまたがっているために起きるのです。
このような例は、枚挙にいとまがありません。
東海道本線の石山（滋賀県）から山崎（京都府）の場合も同じようなケースのひとつです。
この区間はJR西日本管内の運賃適用で、JR東日本管内ではないので、IC運賃の設定がありません。
このため、きっぷでもIC乗車券（Suica,ICOCA等）でも同一運賃です。
きっぷ
石山－山崎（28.6キロ＝本州３社幹線運賃）・・・・・ 510円
2つに分けると
きっぷ
石山－京都（14.5キロ＝本州３社幹線運賃）・・・・・ 240円
京都－山崎（14.1キロ＝大阪の電車特定区間）・・・・ 220円
この場合、通しで買うよりも京都で分けてきっぷを2枚買うと50円安くなります。