「特定区間」をうまく使って、きっぷを２つに分けると
運賃が驚くほど安くなってしまう事があります。
東海道本線（琵琶湖線）の山科（京都府）から神戸（兵庫県）へ行くとき、
山科は特定区間に入っていないため山科－神戸（81.4キロ）の運賃は
本州3社の幹線運賃になってしまいます。
ところが、山科－京都（幹線）、京都－神戸と2つに分けると、
京都－神戸が特定区間となっているため、次に示すごとき運賃となって、
その開きは230円にもなってしまいます。
この区間はJR西日本管内の運賃適用で、JR東日本管内ではないので、
IC運賃の設定がありません。
このため、きっぷでもIC乗車券（Suica,ICOCA等）でも同一運賃です。
きっぷ
山科－神戸（81.4キロ＝本州3社幹線運賃）・・・・・ 1.520円
2つに分けると
きっぷ
山科－京都（5.5キロ＝本州3社幹線運賃）・・・・・・ 190円
京都－神戸（75.9キロ＝「特定区間」運賃）・・・・・ 1,100円
また、次のような例が出てきますから油断がなりません。
東海道本線横浜（神奈川県）から山手線の目白（東京都）に行くときです。
特定区間運賃や山手線運賃があることを知らずに横浜－目白間のきっぷを買うと、
横浜－品川、品川－目白とに分けてきっぷを買うのと比較すると、
きっぷ IC運賃（JR東日本）
横浜－目白（36.2キロ＝東京の電車特定区間運賃）・・・ 650円 649円
横浜－品川（22.0キロ＝ 特定区間運賃）・・・ 300円 293円
品川－目白（14.2キロ＝ 山手線内運賃）・・・ 200円 198円
その差はなんときっぷで150円、IC乗車券で158円にもなります。
これは横浜－品川（22.0キロ）が「特定区間」運賃であるので、
400円（電車特定区間運賃）のところが300円となっているためと、
品川－目白間が山手線内運賃となっているためです。
150円は650円の23％に当たります。きっぷの買い方を変えただけで
こんなに大きな開きがでるのは大問題です。
JRは18種類の運賃表と4種類の換算表を使う運賃システムを設定しているために、
こんな矛盾を抱え込んでしまったのです。